Akademia Sandecja jest bezpośrednim, młodzieżowym zapleczem MKS Sandecja S.A. Nowy Sącz, Klubu powstałego w 1910 roku, co czyni go jednym z najstarszych, wciąż istniejących klubów w Polsce. Akademia jest to projekt mający za zadanie utworzenie na Sądecczyźnie poważnego ośrodka szkolenia, a także edukacji dzieci i młodzieży w oparciu o ponad 114-letnią historię klubu oraz wykorzystanie potencjału regionu sądeckiego.
Akademia Sandecja obecnie skupia ponad 300 wyselekcjonowanych zawodników, wywodzących się z Nowego Sącza, a także jego okolic w promieniu około 60 kilometrów. Do Akademii przynależą młodzi adepci piłki nożnej m.in. z terenów Krynicy Zdrój, Piwnicznej, Szczawnicy, Limanowej, Gorlic oraz ze Słowacji.
Uczestnictwo w projekcie to nie tylko trening i rozgrywki sportowe. Plan zajęć obejmuje również aspekty wychowawcze, jak: dyscyplina, systematyczność, umiejętność pracy w grupie, zdrowa rywalizacja, higiena czy wpojenie nawyków odpowiedniego żywienia. Akademia angażuje się również w projekty społeczne, aby wzbudzić w dzieciach poczucie wspierania osób potrzebujących. Zachowując odpowiednie proporcje Akademia chce wypracować schemat oparty na sprawdzonych rozwiązaniach z bardziej rozwiniętych piłkarsko krajów. Szkoleniowcy, jako byli zawodnicy różnych poziomów ligowych, doskonale wiedzą na czym polega piłka nożna. Następnie przy okazji studiów kierunkowych oraz uzyskiwania licencji trenerskich, posiedli obszerną wiedzę na tematy związane z ukształtowaniem młodego piłkarza, a także odpowiedniego rozwoju organizmu. Dodatkowo, już podczas pracy zawodowej, nieustannie rozwijają swoją wiedzę, a także korzystają z różnych możliwości do nauki. Dla przykładu można by wymienić udział szkoleniowców w programie edukacyjnym Niemieckiej Federacji Piłkarskiej – Deutscher Fussball-Bund oraz uczestnictwo w licznych kursach, konferencjach czy stażach na terenie Polski i Europy.
Akademia Sandecja od 1 stycznia 2021 jest wyodrębnionym podmiotem od MKS Sandecja S.A., działając jako Fundacja. Przez ostatnie 3 lata opracowano własny system szkolenia oraz autorski model gry. Cyklicznie Akademia jest przygotowywana do przystąpienia do Programu Certyfikacji PZPN. Na ten moment w 90 % są wprowadzone standardy Certyfikacji PZPN – Złota Gwiazdka (Akademia nie przystąpiła do tej pory do certyfikacji ze względu na zbyt krótki czas funkcjonowania podmiotu – planowane złożenie wniosku to połowa 2023 roku).